在液相色譜儀等度系統定量分析中，分離開是首要要求。基線分離是提供結果的有效保障。  

    含有5個組分或更少的樣品，使譜峰之間達到基線分離（R＞1.5)一般較為容易。分離度會隨色譜柱的使用時間逐步降低，也會由于分離條件的微小波動而在不同時間有所變化，因此在建立簡單混合物的分離方法時，使R≥2。這樣的分離度將有利于改善測試精度和方法的普適性；含10團種或10種以上組分的樣品，分離一般會很困難，目標分離度往往必須降低至R＞1.0—1.5。  

    有些HPLC測定不必使全部被測組分達到基線分離，這種情況zui常見于所測樣品中可能存在數種化合物但僅需檢測其中的一種時。比如在普查水或土壤樣品中的某污染物(如定性分析不同的除芳劑)時，僅需要分離出個別除莠劑，確定其特征保留時間進行峰鑒別即可。  

    盡管大多數HPLC設備能在更高的壓力下工作，使用新色譜柱的工作壓力不應超過170bar（2500psi,17MPa），壓力上限在2000psi以下。  

    限制該壓力基于兩點原因：*、隨著色譜柱的使用，微粒雜質會逐步堵塞柱頭，使柱壓成倍升高；第二、較低的壓力（<170bar）適于泵、進樣閥、尤其是自動進樣裝置的穩定工作，密封墊的壽命更長，色譜柱堵塞的情況減少，系統的耐久性明顯提高。因此，以小于泵的zui大允許壓力的50%作為目標壓力。